木器是收藏中的大项，它包括家具、摆件、雕像、日常生活用具及其它木制品。木器的材质有硬木与软木之分，硬木指颜色深、量重、木性优质的名贵木材，如紫檀、铁力、红木等。软木是相对硬木而言的传统说法，如楠木、榉木、榆木、樟木等。不论何种材质的木器，亦不论器物的大小，防腐朽当为头等大事。
木材在空气中能吸收水分，也能放出水分，空气中湿度的变化直接影响木材中水分的变化，使之膨胀。过于潮湿的环境极易滋生霉菌。危害木材的霉菌大约有1000多种，最主要的是表面菌、变色菌、软腐菌和木腐菌。表面菌多滋生在木器的表面，在温暖潮湿的环境下可看到木器表面有一片片黑色或淡绿色的霉斑。这种霉菌只生长在木器的表面，不会损害木器的细胞壁，对木器的收藏影响不大。
一般情况下。用质地柔软的棉布即可擦拭掉，在阳光下晒一小时，然后进行消毒处理。防范此类霉菌的最好办法是不要把藏品放在缺少自然光线的环境里。
变色菌产生的原因与表面菌相同，但其菌丝进入木器细胞内，一般不破坏细胞壁，对木器影响不大，只是影响木器的外观。此种菌一旦形成便无法去掉，故应以防范为主。
软腐菌产生的原因较为复杂，长期与水接触的木器，与土壤接触的木器和高温度环境中的木器都会产生。特别是大件木器家具与地面接触的脚更易产生。此种菌常会引起木器表层软化，应以防范为主。
对木器收藏影响最大的当属木腐菌，它以木器细胞壁为养料，菌丝溶解细胞壁形成孔洞，最后细胞壁被彻底破坏，木器腐朽。通过对木器霉菌产生原因的分析，可以得出这样的结论，木器在收藏过程中必须保证适宜的湿度，较为科学合理的湿度范围是50％-60％，湿度的任何增高或降低，应有一个渐变的过程。这就要求它的周围不能有水源蒸发，如水池、厨房等。
如前所述，木器在空气中能吸收水分，也能放出水分，放出水分过多，会使木器收缩，造成木器变形。过于干燥还会使木器翘裂解体。所以，木器收藏的环境要避免受热不均，如避免阳光直接照射、不要靠近采暖设备和对流的过堂风。
除了霉菌对木器收藏的破坏之外，影响木器收藏的另一因素是虫害。许多蛀木虫会将木器蛀空，使完好的木器组织在不知不觉中变为细粉，有朝一日木器化为乌有。一般来讲，杀死蛀虫的方法有蒸气法、真空法、熏蒸法、喷射法和浸渗法。普通收藏者受条件所限，可以采用二硫化碳和四氯化碳的不燃混合剂进行熏蒸灭虫，其比例是1:4。也可以选用滴滴涕、五氯苯酚、氯萘或萘的金属化合物注入蛀孔之内。
由于木器表面多有漆层，一旦表面有灰尘和污迹，切忌用碱水、开水或酒精等擦拭，以免损坏漆面。为了使木器颜面如新，需要进行上蜡，上蜡时要先将灰尘拂去，确保表面没有污垢后再以棉布蘸蜡由点到面的推开，蜡层不宜过厚，以可以清晰见到木器纹理及蜡质平稳固定为止，上蜡的间隔应以半年为限，切忌上蜡过勤。
另外，大的木器收藏不要随意搬动，实在需要搬动时要注意榫卯结构的保护。小件器物，特别是有雕刻的器物应以锦盒收藏为好。
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